Les mouches de musée et les spécimens sauvages contribuent à combler les lacunes dans l’évolution des mouches des fruits

Une multitude de nouvelles données sur les séquences génomiques comblent de grandes lacunes dans l’arbre de vie des mouches des fruits, rapportent Bernard Kim de l’Université de Stanford, aux États-Unis, et ses collègues de la revue en libre accès. Biologie PLOSSortie le 18 juillet^Ème.

Les mouches des fruits sont des organismes modèles classiques dans la recherche biologique et ont été parmi les premières espèces dont l’intégralité de leur génome a été séquencée. Avec plus de 4 400 espèces, la diversité de la famille des mouches des fruits pourrait offrir un aperçu des modèles et processus évolutifs. Mais seule une fraction de ces espèces a vu son génome séquencé, et la plupart des séquences génomiques publiées de mouches des fruits proviennent d’un nombre très limité d’espèces avec des souches consanguines représentatives de laboratoire.

Pour résoudre ce problème, les chercheurs ont séquencé les génomes de 179 espèces de mouches de la famille des Drosophilidae, notamment des mouches capturées dans la nature, des spécimens de musée conservés et des souches cultivées en laboratoire. En utilisant une approche de séquençage hybride combinant les dernières technologies de séquençage à lecture courte et longue, ils ont pu créer des séquences génomiques de haute qualité et à faible coût à partir d’un matériel limité. Ils ont utilisé les nouvelles séquences du génome et les données précédemment publiées pour construire un arbre phylogénétique pour 360 espèces de la famille des Drosophilidae, affinant ainsi notre compréhension des relations évolutives de ces espèces. Ils ont également aligné près de 300 génomes de mouches des fruits en tant qu’outil open source pour les futures recherches en génomique comparative, telles que l’alignement du génome entier.

Tandis que des efforts de séquençage à grande échelle pour des organismes plus grands tels que des mammifères sont déjà en cours, cette étude montre que le séquençage du génome de petits organismes tels que des mouches individuelles – ; même ceux qui sont conservés dans les musées depuis jusqu’à deux décennies – ; est désormais possible.

Les auteurs ajoutent : « Il est désormais tout à fait possible d’envisager d’assembler les génomes de centaines ou de milliers d’espèces, même avec le budget de recherche d’un seul laboratoire. Ce type d’échantillonnage à grande échelle au niveau des groupes nous fournira un niveau de résolution sans précédent pour étudier les séquences génomiques de différents groupes tels que les mouches des fruits et au-delà, ce qui améliorera certainement notre compréhension du processus évolutif.