Une étude révèle un mélange complexe au sein des populations d’origine européenne

Une étude récemment publiée dans la revue Communication naturelle fournit des preuves d’un mélange sous-continental chez les personnes d’ascendance européenne, contrairement aux études d’association génétique antérieures qui reconnaissent les populations d’ascendance européenne comme stratifiées plutôt que mélangées.

Étude: Mélange sous-continental non reconnu parmi les Européens et les Américains d’origine européenne et implications pour les études épidémiologiques génétiques. Source de l’image : Pixels Hunter / Shutterstock.com

arrière-plan

Les preuves issues d’études génétiques humaines suggèrent une variation génétique significative entre le nord et le sud de l’Europe. Les analyses d’ADN anciennes indiquent également un mélange génétique au sein de l’Europe. Malgré ces preuves, les populations d’origine européenne sont généralement considérées comme stratifiées plutôt que mélangées à une échelle sous-continentale.

La plupart des études épidémiologiques génétiques sur les Européens et les Américains d’origine européenne considèrent la stratification de la population comme un facteur de confusion clé et un contrôle de ses effets de confusion potentiels en utilisant l’ascendance à l’échelle du génome estimée par analyse en composantes principales. Il est important de noter que ces études ne tiennent pas compte de l’ascendance spécifique au site, inhérente aux populations mélangées, et pourraient conduire à une mauvaise estimation de l’adaptation polygénique et à de mauvaises performances prédictives des scores de risque polygénique.

À propos de l’étude du NIH

Les scientifiques de l’Institut national de recherche sur le génome humain (NHGRI), qui fait partie des National Institutes of Health (NIH) des États-Unis, ont intégré des données individuelles à l’échelle du génome d’environ 19 000 personnes d’ascendance européenne provenant de 79 populations européennes et de cinq populations européennes américaines.

Les données génétiques ont été utilisées pour créer un nouveau panel de référence afin de déterminer la diversité ancestrale, ce qui a été manqué à la fois par le projet 1 000 génomes et par le projet sur la diversité du génome humain.

Résultats de l’étude

Il a été constaté que les Européens et les Américains européens ont des lignées génétiques mixtes, communément appelées mélanges. Cela contraste avec les précédentes études génétiques humaines à grande échelle qui considèrent les personnes d’origine européenne comme des populations génétiquement homogènes.

Sur la base de notre analyse, il est clair que les chercheurs devraient prendre en compte le mélange dans la population lors de l’évaluation des données provenant d’études d’association génétique chez des personnes d’ascendance européenne afin de découvrir de véritables associations entre les variantes et les traits génomiques », a déclaré Daniel Shriner, Ph.D. , associé de recherche au NIH Center for Research on Genomics and Global Health et auteur principal de l’étude.

Pour confirmation expérimentale, les scientifiques ont analysé le gène de la lactase LCT, qui varie considérablement à travers l’Europe et code pour l’enzyme lactase, qui aide à digérer le sucre du lait, le lactose. Le nouveau panel de référence a identifié des liens entre une variante hautement différenciée du gène de la lactase et des caractéristiques telles que la taille, l’indice de masse corporelle (IMC) et les niveaux de cholestérol des lipoprotéines de basse densité (LDL-C).

L’analyse, réalisée après ajustement à la fois pour l’ascendance à l’échelle du génome (population stratifiée) et pour l’ascendance spécifique au site (population mixte), a révélé que la variante génomique du gène de la lactase n’est pas associée à la taille et aux niveaux de LDL-C. Cependant, il existait un lien entre la variante et l’IMC.

Les résultats de cette étude soulignent l’importance de reconnaître que la majorité des individus dans les populations du monde entier ont des antécédents d’ascendance mixte et que la prise en compte de ces antécédents d’ascendance complexes est essentielle dans les études génétiques et la pratique de la médecine génomique.

En plus de la fausse association observée entre le gène de la lactase et certains traits, il peut exister d’autres fausses associations dans la littérature. Par conséquent, comprendre l’association entre les variantes génomiques et divers traits est particulièrement important pour estimer les scores de risque polygénique et prédire la capacité d’un individu à répondre efficacement et en toute sécurité aux traitements médicamenteux. Une compréhension correcte de l’ascendance génétique est cruciale pour prédire les risques génétiques de maladies courantes.

La découverte de véritables liens génétiques aidera les chercheurs à poursuivre leurs recherches de manière plus efficace et plus prudente. Nous espérons qu’en considérant l’ascendance mixte dans les futures analyses génomiques, nous pourrons améliorer la valeur prédictive des scores de risque polygénique et faciliter la médecine génomique.

Le nouveau panel de référence créé par les scientifiques est à la disposition de la communauté scientifique pour une utilisation future.

UN) Carte de l’Europe montrant la localisation géographique des échantillons de 79 populations européennes. La carte a été dessinée à l’aide du package R « maps » version 3.4.1. B) Les deux premières composantes principales (PC1 et PC2) de la diversité génétique et le pourcentage de variance expliqués. C) Couverture de la diversité génétique à travers les deux premières composantes principales (région du tronc convexe). Projet 1000G = 1000 Génomes, Projet HGDP sur la diversité du génome humain.

Importance des études

L’étude actuelle du NIH révèle que les Européens et les Américains d’origine européenne sont mélangés au niveau sous-continental, les données de mélange variant entre les sous-groupes d’Américains d’origine européenne. Ces résultats soulignent la nécessité de réévaluer les résultats d’études génétiques humaines antérieures qui ne prenaient pas en compte le mélange lors de l’analyse des populations ancestrales européennes.