L’avènement de la technologie de séquençage du génome entier a conduit à une explosion de la recherche sur la manière dont la génétique est liée au risque de maladie. Cependant, la plupart des recherches génétiques ont été menées sur des personnes d’origine européenne, et les chercheurs en génétique ont reconnu qu’il fallait faire davantage pour éliminer les disparités en matière de santé.
Dans une nouvelle étude, des chercheurs de Georgia Tech ont examiné si 25 variantes génétiques rares connues pour être liées aux maladies inflammatoires de l’intestin (MII) jouaient un rôle dans le risque pour les Afro-Américains. Alors que les associations de variantes rares ont été récemment découvertes chez des personnes d’ascendance européenne et représentent environ 15 % des cas, on ne sait pas si et comment les mêmes variantes génétiques rares pourraient avoir un impact sur le risque pour les Afro-Américains.
Dirigée par Greg Gibson, professeur Regents et titulaire de la chaire Tom et Marie Patton à l’École des sciences biologiques, l’étude met en évidence l’importance de prendre en compte la diversité génétique et le mélange des lignées dans la recherche génétique. Les résultats ont été publiés dans la revue médecine génomique.
“Grâce aux progrès majeurs réalisés au cours de la dernière décennie, nous savons désormais que la plupart des maladies sont bien plus complexes génétiquement que nous le pensions initialement”, a déclaré Gibson, qui est également directeur du Centre de génomique intégrative à Georgia Tech. “Comprendre si les différences génétiques contribuent aux disparités en matière de santé est un objectif important de la recherche génétique actuelle, et nous avons eu l’occasion de tester une idée avec cette étude.”
Aujourd’hui, les Afro-Américains ont une prévalence similaire de divers types de MII que les Américains d’origine européenne. Mais le résultat est souvent bien pire : les Afro-Américains sont plus susceptibles de développer une maladie grave nécessitant des colectomies et d’autres procédures majeures.
Courtney Astore, Ph.D. L’étudiant du laboratoire de Gibson et premier auteur de l’article souhaitait évaluer si les mêmes variantes rares auraient un effet similaire sur le risque de MII chez les Afro-Américains. En collaboration avec Subra Kugathasan de l’Université Emory et le Consortium de génétique des MII du NIH, le laboratoire de Gibson avait analysé les séquences complètes du génome de plus de 3 000 génomes d’Afro-Américains, dont la moitié étaient atteints de MII. Astore a utilisé cette base de données pour effectuer son analyse.
Elle a d’abord cartographié la différence dans la fréquence des variantes rares et a rapidement constaté que la prévalence des variantes avait chuté de manière significative parmi les Afro-Américains. Grâce à d’autres calculs, elle a estimé que les variantes d’ascendance européenne contribuaient en réalité très peu aux MII chez les Afro-Américains (environ 44 cas supplémentaires pour 100 000 personnes), quatre fois moins que chez les Américains d’ascendance européenne.
“Avant notre analyse, nous soupçonnions que ce mélange pourrait jouer un rôle dans la présence de variantes rares associées aux MII chez les Afro-Américains”, a déclaré Astore. “Quand j’ai vu les différences, j’ai réalisé qu’il y avait quelque chose d’important que nous devions découvrir.”
Astore a ensuite utilisé une méthode connue sous le nom de peinture chromosomique, qui peut révéler l’origine de chaque segment du génome. Elle a montré que les rares variantes trouvées chez les Afro-Américains étaient presque toujours localisées sur des segments du génome d’ancêtres européens.
En termes simples, l’emplacement des variantes suggérait que les gènes étaient apparus par mélange – un terme scientifique désignant le mélange de fonds génétiques tout au long de la lignée – ce qui a permis à Astore de montrer que les mutations étaient originaires de l’extérieur de l’Afrique et n’apparaissaient qu’en Afrique. descendance au cours des douze dernières générations.
À la fin de l’étude, Gibson et Astore ont examiné la présence d’autres variantes rares associées à une douzaine d’autres maladies, ce qui a également confirmé que la présence des variantes chez les Afro-Américains se produit généralement par mélange.
Les résultats sont importants pour plusieurs raisons. Premièrement, ils soulignent l’importance de prendre en compte la diversité et le mélange génétiques tout au long de la recherche génétique, en particulier lors de l’étude de variantes rares et de leurs associations avec des maladies complexes. Bien qu’ils aient montré que les variantes européennes étaient rares chez les Afro-Américains, il existe presque certainement des variantes rares contribuant aux MII chez les Afro-Américains qui n’ont pas encore été découvertes et pourraient indiquer des mécanismes biologiques.
“Conduire davantage d’études génétiques sur diverses populations, en particulier celles contenant des mélanges, sera essentiel à la découverte thérapeutique”, a déclaré Astore.
La médecine de précision sera éventuellement adaptée au génome d’une personne, ce qui signifie que connaître l’identité de variantes rares peut être utile pour orienter le traitement dans certains cas. Si tel est le cas, il est utile de connaître le contexte de l’ascendance. Cela signifie également que les nouveaux traitements pourraient ne pas être efficaces pour tout le monde à moins que des recherches supplémentaires ne soient menées sur différents groupes d’ascendance. L’équipe souligne également que la génétique n’est pas le seul facteur de risque de maladies complexes comme les MII, et leur étude souligne simplement que les découvertes génétiques ne peuvent pas être considérées comme des facteurs de risque pour tout le monde.
“Notre étude souligne que la réalisation d’un séquençage génétique à grande échelle pour les Afro-Américains et tous les groupes d’ascendance est absolument essentielle à la voie vers une plus grande équité en matière de santé”, a déclaré Gibson. « Nous espérons que nos travaux stimuleront davantage de recherches sur les déterminants sociaux de la santé et sur la génétique des MII à travers diverses ascendances. »