L’Agence britannique de sécurité sanitaire (UKHSA) a publié aujourd’hui sa stratégie de génomique des agents pathogènes, définissant un plan quinquennal pour le rôle de l’organisation dans la fourniture plus large de génomique des agents pathogènes afin de se préparer et de répondre aux menaces de santé publique liées aux maladies infectieuses.
La nouvelle stratégie définit un programme visant à améliorer la capacité de l’UKHSA à identifier et à comprendre les agents pathogènes qui présentent les plus grands risques pour la population britannique. Cela contribuera à garantir que les décisions politiques et de santé publique reposent sur les meilleures preuves scientifiques possibles.
Le séquençage du génome des agents pathogènes pour étudier leur code génétique peut fournir des informations importantes sur leur identité et leur ascendance. Lorsqu’elle est combinée à d’autres données et recherches sur la santé, elle devient un outil puissant pour comprendre comment un agent pathogène se comporte dans une population humaine et pourquoi.
Grâce à la génomique, nous pouvons identifier de nouvelles menaces pour :
- Identifier les épidémies et trouver leur source
- suivre la transmission des maladies entre les personnes
- comprendre si les réponses immunitaires humaines ont un effet protecteur
- Choisir les vaccins les plus efficaces pour la population
- Détecter la résistance aux antimicrobiens et déterminer le traitement optimal pour les individus
La réponse à la pandémie de COVID-19 nous a montré que la génomique peut être pleinement intégrée aux systèmes de santé publique et influencer la prise de décision aux niveaux local, national et mondial. Le Royaume-Uni a soumis plus de 3 millions de séquences du SRAS-CoV-2 à la commission internationale GISAID base de données au cours de la pandémie, soit un quart du total mondial et plus que tout autre pays à l’exception des États-Unis.
Depuis lors, la génomique n’a cessé de démontrer sa valeur : elle permet d’identifier les épidémies d’origine alimentaire, de nous aider à évaluer le risque d’agents pathogènes émergents comme la Mpox et la grippe, et de nous aider à choisir un traitement pour des maladies comme la tuberculose.
La stratégie de génomique des agents pathogènes de l’UKHSA reconnaît que la génomique des agents pathogènes est un élément essentiel du contrôle moderne des maladies infectieuses et garantira que le Royaume-Uni reste à l’avant-garde de la recherche en génomique, en développant et en mettant en œuvre la génomique pour la santé publique afin d’aider et de protéger les vies et les moyens de subsistance.
En tirant parti des infrastructures, des capacités et des capacités scientifiques existantes, la stratégie décrit la vision de l’UKHSA en matière de génomique des agents pathogènes au cours des cinq prochaines années à travers sept objectifs stratégiques. Ceux-ci sont:
- Utiliser les données génomiques des agents pathogènes pour optimiser les décisions cliniques/de santé publique, du local au mondial ;
- Utiliser les données génomiques des agents pathogènes pour améliorer les diagnostics, les vaccins et les traitements ;
- Fournir un service étendu et coordonné de génomique des agents pathogènes à l’échelle nationale ;
- Soutenir une transformation de la main-d’œuvre en génomique des agents pathogènes au sein et au-delà de l’UKHSA ;
- Engagement à partager les données génomiques des agents pathogènes et à collaborer à l’échelle mondiale ;
- promouvoir l’innovation en génomique des agents pathogènes ;
- Créer des services génomiques pathogènes à fort impact et d’un bon rapport qualité-prix
Chacun de ces objectifs stratégiques soutiendra et renforcera les performances du Royaume-Uni dans trois domaines prioritaires de la santé publique, qui sont directement alignés sur les priorités de l’UKHSA :
- résistance aux antimicrobiens;
- infections émergentes et biosécurité ;
- Maladies évitables par la vaccination et programmes d’élimination.
Dr. Meera Chand, directrice adjointe des infections émergentes et responsable clinique du programme de génomique à l’UKHSA, a déclaré :
La génomique des agents pathogènes est un élément essentiel de la capacité du monde à réagir rapidement aux menaces de maladies infectieuses, que ce soit en augmentant la vitesse à laquelle nous pouvons identifier les agents pathogènes émergents ou contrôler les épidémies, ou en améliorant notre compréhension des traitements ou des vaccins qui pourraient être efficaces.
La nouvelle stratégie de génomique pathogène de l’UKHSA nous fournira un cadre pour renforcer notre capacité déjà importante dans ce domaine et intégrer la génomique dans tous nos travaux afin de protéger le public des menaces pour sa santé.
Le professeur Dame Jenny Harries, directrice générale de l’UKHSA, a déclaré :
Les experts britanniques en génomique des agents pathogènes ont apporté une contribution cruciale à la réponse à la pandémie de COVID-19, et la génomique des agents pathogènes reste au cœur des efforts nationaux et internationaux visant à protéger le public contre de nombreux autres types de menaces de maladies infectieuses, de la tuberculose au Mpoxen et à la grippe aviaire.
Nous savons que cela deviendra encore plus important dans les années à venir et notre nouvelle stratégie garantira que l’UKHSA continue d’être à l’avant-garde de la mise en œuvre de cette technologie pour assurer la sécurité de nos communautés, sauver des vies et protéger les moyens de subsistance.
Maria Caulfield, ministre chargée de la Stratégie pour la santé des femmes, a déclaré :
L’identification des menaces émergentes liées aux maladies infectieuses, la détection des épidémies et de leurs causes, ainsi que le suivi de la transmission communautaire des maladies sont essentiels pour protéger le pays contre les menaces pour la santé publique.
Cette nouvelle stratégie, publiée par UKHSA, nous aidera à identifier et à analyser les agents pathogènes qui représentent la plus grande menace pour la population britannique et à y répondre rapidement et efficacement.
Études de cas sur l’impact récent de UKHSA Genomics
Salmonelle
En avril 2022, l’UKHSA a utilisé le séquençage du génome entier (WGS) pour identifier et éclairer la réponse aux produits chocolatés contaminés. Le chocolat était contaminé par un type très spécifique de salmonelle, provenant d’un groupe génétique jamais observé auparavant au Royaume-Uni.
Avant l’introduction du génotypage, nous ne pouvions pas toujours confirmer avec certitude quels organismes étaient présents dans les produits contaminés, ce qui compliquait la prise de décision concernant les rappels d’aliments. Le séquençage du génome fournit désormais la base de données probantes nécessaire pour prendre ces décisions avec un degré de certitude bien plus grand.
La notification précoce de la découverte de l’épidémie, ainsi que les enquêtes épidémiologiques et le partage rapide des informations sur la séquence microbiologique, ont confirmé le lien entre les produits de la Société et l’épidémie. Surveillance de routine avec WGS a été crucial pour la découverte de ce groupe génétique unique.
Après l’avertissement, les comparaisons des données britanniques avec les séquences nationales d’autres pays ont montré que davantage de cas étaient liés à l’épidémie à travers l’Europe. Une enquête plus large menée à l’échelle nationale a conduit à l’identification de produits chocolatés provenant de la même entreprise à l’origine de l’épidémie.
Variante du SRAS-CoV2 : Alpha
En mars 2020, des scientifiques de l’organisation prédécesseur de l’UKHSA, Public Health England, ont séquencé les génomes d’échantillons prélevés sur des personnes atteintes de COVID-19 tout en enquêtant sur une augmentation inexpliquée des cas de COVID-19 dans le Kent.
Leur analyse a révélé qu’un grand nombre de ces séquences étaient très similaires et génomiquement distinctes des autres échantillons de SARS-CoV-2 séquencés jusque-là au Royaume-Uni. Il s’agissait de la première identification de la variante alpha du SRAS-CoV-2, une variante avec une transmissibilité beaucoup plus élevée que les variantes dominantes à l’époque.
Sans le recours au séquençage du génome, il aurait fallu beaucoup plus de temps aux autorités sanitaires pour comprendre l’importance de l’augmentation des cas dans le Kent, et les mesures visant à ralentir la propagation auraient été considérablement retardées. En fait, l’utilisation du séquençage du génome a permis d’éviter l’hospitalisation, voire la mort, d’un nombre bien plus important de personnes.
Variante du SRAS-CoV2 : Omicron
En novembre 2021, le programme de séquençage du génome de l’UKHSA a identifié les premiers cas du variant Omicron du SRAS-CoV-2 au Royaume-Uni, après avoir été précédemment identifié en Afrique du Sud, au Botswana et à Hong Kong.
La rapidité de cette détection – qui n’aurait pas été possible sans le séquençage complet du génome (WGS) – signifiait que les équipes britanniques de protection de la santé pouvaient prendre des mesures rapides pour ralentir la propagation du virus.
Omicron est apparu comme la variante dominante du SRAS-CoV-2 dans le monde, mais le retard dans l’utilisation de WGS Le rachat par le Royaume-Uni signifiait que des interventions pouvaient être mises en œuvre avant de prendre le pouvoir, atténuant ainsi l’impact potentiel et réduisant le nombre de personnes risquant d’être hospitalisées ou décédées.
Variante du SRAS-CoV2 : BA.2.86
L’année dernière, les scientifiques ont utilisé des données de séquençage mondiales pour identifier une lignée du SRAS-CoV2 présentant une mutation inhabituelle. Une fois que nous avons identifié le nouveau variant, nous avons pu suivre son émergence à travers le Royaume-Uni et identifier et contrôler rapidement les épidémies locales.
Notre connaissance des mutations nous a permis de développer rapidement des vaccins et des tests de diagnostic efficacité grâce à un programme de laboratoire pour déterminer si les vaccins et les dispositifs à flux latéral (LFD) actuels sont efficaces contre BA.2.86.
tuberculose (tuberculose) et la résistance aux antimicrobiens (RAM)
En 2017, Public Health England (PHE), l’une des organisations qui ont précédé l’UKHSA, a annoncé son utilisation révolutionnaire du séquençage du génome entier (WGS) dans le diagnostic et le traitement tuberculose. Le Royaume-Uni utilise désormais WGS comme outil de routine dans tuberculose Surveillance – ce qui la distingue de la plupart de ses voisins européens.
Avant d’accepter WGS dans les laboratoires, notre capacité à suivre la propagation de tuberculose entre les gens était beaucoup plus limité et imprécis.
Pour dresser un tableau de la manière dont le virus pourrait se propager au sein de la population, les scientifiques déterminent d’abord si divers cas de tuberculose sont liés.
Les méthodes précédentes reposaient sur l’identification de segments répétitifs dans le code génétique de la bactérie, puis sur leur comparaison avec ceux trouvés dans les bactéries provenant d’autres échantillons. En revanche, le séquençage du génome entier capture l’intégralité du code génétique tuberculose Bactéries provenant de différents échantillons, permettant une comparaison très détaillée.
De nombreuses améliorations ont été apportées depuis 2015 tuberculose Diagnostic grâce à l’introduction du séquençage du génome entier, y compris la possibilité de détection et de surveillance tuberculose prévenir la transmission, réduire le délai de diagnostic des nouveaux cas de plus d’un mois à un peu plus d’une semaine et prendre les décisions thérapeutiques les plus appropriées pour chaque individu, ralentissant ainsi l’avancée de la résistance aux antimicrobiens chez les patients multirésistants tuberculose.
Auparavant, la confirmation d’un diagnostic pouvait prendre jusqu’à un mois. tuberculosePour confirmer les options de traitement et détecter la propagation entre les cas, cela peut désormais être fait en un peu plus d’une semaine. Cela ralentit la propagation de la maladie, éclaire le choix des médicaments appropriés et aide à combattre la résistance aux antimicrobiens.