Un récent microbe à lancette L’étude examine l’évolution intra-hôte et les facteurs de risque associés à une infection prolongée par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) chez les patients immunodéprimés.
Étude: Excrétion et évolution du SRAS-CoV-2 chez les patients immunodéprimés pendant la période Omicron : une analyse prospective multicentrique. Source de l’image : Sabrewolf / Shutterstock.com
arrière-plan
Les patients immunodéprimés sont les plus vulnérables à l’infection par le SRAS-CoV-2 car ils peuvent ne pas développer une immunité adéquate et sont moins protégés par les vaccinations. Des recherches antérieures ont montré que les patients immunodéprimés, en particulier ceux diagnostiqués avec le syndrome de déficience auto-immune (SIDA), courent un risque plus élevé d’infection prolongée ; Cependant, la plupart de ces études sont rétrospectives et sujettes à certains biais.
La propagation des nouvelles variantes du SRAS-CoV-2 est largement limitée par la dynamique stochastique de la transmission et de la clairance de l’hôte. Cependant, la réplication au sein de l’hôte chez les patients immunodéprimés peut donner au virus suffisamment de temps pour acquérir des mutations.
Les scientifiques ont émis l’hypothèse que des variantes inquiétantes du SRAS-CoV-2 (COV), telles que les variantes Alpha (B.1.1.7) et Omicron (BA.1), sont apparues lors d’infections prolongées chez des personnes immunodéprimées. On ne sait toujours pas si les interventions existantes réduiront ou faciliteront le développement de variantes hautement mutées chez les patients immunodéprimés.
À propos de l’étude
Pour répondre aux questions pressantes sur l’infection par le SRAS-CoV-2 chez les personnes immunodéprimées, les chercheurs ont mené une surveillance prospective chez les patients ambulatoires et hospitalisés diagnostiqués avec une infection omicron par le SRAS-CoV-2. Cette étude prospective et multicentrique a recruté des patients adultes de cinq centres médicaux américains, tous immunodéprimés et ayant été testés positifs au COVID au cours des 14 jours précédents.
Des échantillons nasaux ont été collectés toutes les deux à quatre semaines et testés par réaction en chaîne par polymérase-transcription inverse en temps réel (RT-PCR) jusqu’à ce que les résultats soient négatifs dans des échantillons consécutifs. La culture virale et le séquençage du génome entier ont été réalisés sur des échantillons positifs.
En analysant la culture virale, l’acide ribonucléique (ARN) Charge viraleÀ l’aide de données de séquençage, les chercheurs ont défini les individus les plus à risque d’infection persistante, ainsi que l’impact des traitements antiviraux et la dynamique évolutive du SRAS-CoV-2 dans cette population immunodéprimée.
Principales conclusions
L’infection prolongée par le SRAS-CoV-2 était rare dans ce groupe hétérogène présentant un déficit immunitaire modéré à sévère. Un développement relativement limité du SRAS-CoV-2 a été observé dans un large éventail de maladies immunodéprimées.
Lors d’une infection à court et à long terme, le taux d’évolution au sein de l’hôte était similaire. Le principal facteur de différenciation a été considéré comme la durée de la période infectieuse chez les patients immunodéprimés.
Les mutations dans le domaine de liaison aux récepteurs viraux (RBD) ont augmenté chez les patients infectés pendant une longue période. De plus, plusieurs substitutions ont été observées dans les lignées Omicron actuelles ou ultérieures.
Des études portant sur des facteurs de risque importants ont révélé un dysfonctionnement ou une déplétion des lymphocytes B, qui pourraient être provoqués par un traitement anti-CD20 ou anti-CD19, un myélome ou un lymphome. Cette découverte concorde avec les rapports de cas précédemment publiés dans lesquels une malignité à cellules B a été détectée dans des infections prolongées, soulignant le rôle essentiel des anticorps dans la clairance du SRAS-CoV-2.
Des rapports de cas antérieurs ont documenté une réplication virale prolongée chez des personnes vivant avec une infection par le virus de l’immunodéficience humaine (VIH). Cela concorde avec l’expérience d’un patient de la cohorte de l’étude atteint du SIDA et qui a eu une période infectieuse prolongée de plus de 200 jours. Ce patient avait un taux de CD4 inférieur à 50 cellules/μL et présentait une réplication incontrôlée du VIH, ce qui pourrait également être dû à une immunité humorale altérée.
Conclusions
Les limites notables de l’étude actuelle incluent la petite taille de l’échantillon avec un échantillon de suivi testé positif pour le SRAS-CoV-2 par RT-PCR en temps réel, ce qui a limité la portée de l’examen des caractéristiques pertinentes de l’évolution du virus. Pour atténuer les biais potentiels concernant le statut d’immunodéficience, la définition était intentionnellement large ; Cependant, cela a également conduit à l’inclusion de personnes présentant un déficit immunitaire léger à modéré, qui étaient moins susceptibles de souffrir d’une infection prolongée.
Puisque près de 75 % des patients n’avaient pas d’échantillon de suivi positif, la fréquence des prélèvements entre deux et quatre semaines pourrait être considérée comme trop peu fréquente. Une autre limite notable de cette étude était l’absence d’un groupe témoin immunocompétent. De plus, la présente étude n’a été menée qu’aux États-Unis, ce qui limite la généralisabilité des résultats.
L’étude actuelle a porté sur des adultes immunodéprimés positifs au SRAS-CoV-2 et a révélé que la durée de l’infection et du développement du virus était plus longue chez les patients présentant une déplétion des lymphocytes B et une tumeur maligne. Les mutations chez les patients immunodéprimés n’étaient pas nécessairement prédictives de mutations ultérieures d’Omicron, ce qui suggère que des approches alternatives basées sur la surveillance génomique pourraient être utiles.