Le génotypage RT-PCR surpasse le séquençage du génome entier en permettant un suivi rapide et précis des variantes du COVID-19

Dans une étude récente publiée dans microbe à lancette, Les chercheurs comparent le potentiel des tests de génotypage par réaction en chaîne par polymérase-transcriptase inverse (RT-PCR) en temps réel avec le séquençage du génome entier (WGS) pour une surveillance précise et rapide à haut débit du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV). -2) Variantes.

Étude: Tests de génotypage RT-PCR pour identifier les variantes du SRAS-CoV-2 en Angleterre en 2021 : une étude de conception et d’évaluation rétrospective, Crédit photo : tilialucida / Shutterstock.com

arrière-plan

Le génome du SRAS-CoV-2 a muté rapidement au fil du temps, donnant lieu à de multiples variantes préoccupantes (VOC), qui à leur tour ont continuellement modifié la trajectoire épidémiologique de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) dans le monde.

Le WGS reste la référence en matière d’identification et de caractérisation génétique des variantes du SRAS-CoV-2 ; Cependant, en raison d’un délai d’exécution d’une à deux semaines et d’autres limitations techniques, logistiques et financières, cette approche s’est avérée moins efficace pour lancer une réponse rapide de santé publique.

À ce jour, le potentiel d’une surveillance à haut débit des variantes du SRAS-CoV-2 n’a pas été suffisamment étudié. En fait, la plupart des études antérieures se sont concentrées uniquement sur le développement et l’utilisation d’efforts de surveillance auprès de populations spécifiques.

Les tests de génotypage RT-PCR pour la surveillance au niveau de la population du SRAS-CoV-2 pourraient compléter le WGS en offrant une évolutivité accrue à moindre coût, une plus grande précision et une vitesse rapide.

À propos de l’étude

Dans la présente étude, les chercheurs ont développé des algorithmes de décision pour surveiller et évaluer le génotypage dans le système de surveillance de deuxième génération (SGSS) de l’UKHSA.

Un total de 115 934 échantillons positifs au SRAS-CoV-2 ont été analysés entre mars et septembre 2021, dont 2 674 répondaient aux critères d’inclusion dans un panel d’analyse de génotypage RT-PCR. Trois mesures de la précision de l’attribution des variantes et les intervalles de confiance (IC) à 95 % associés ont été évalués pour tous les échantillons afin d’évaluer les changements au fil du temps.

La première mesure était la sensibilité, qui reflétait la proportion d’échantillons présentant des variantes identifiées par le WGS et également correctement classées par l’algorithme de décision. La deuxième mesure était la spécificité, définie comme la proportion d’échantillons que WGS n’a pas classés comme variant mais ont été classés par l’algorithme de décision.

La troisième et dernière mesure était une valeur prédictive positive (VPP), qui reflétait la proportion d’échantillons pour lesquels WGS confirmait la classification de l’algorithme de décision. La rapidité des résultats, le coût et la capacité accrue des tests RT-PCR par rapport au WGS ont également été déterminés.

Pour évaluer l’opportunité de la surveillance des variantes, les chercheurs ont calculé le temps entre la date d’échantillonnage de l’échantillon positif RT-PCR et la disponibilité des résultats de génotypage et du WGS pour les résultats des variantes appariées. Ces données ont été présentées sous forme de décalages temporels moyen (SD) et médian (IQR) et stratifiées par semaine pour examiner les changements de récence.

Résultats de l’étude

Les tests de génotypage RT-PCR ont permis une caractérisation rapide et améliorée des modèles de transmission et des facteurs de risque du SRAS-CoV-2. Ces tests présentaient un haut niveau de précision, nécessitaient moins de ressources que WGS, avaient des délais d’exécution plus courts et offraient une plus grande flexibilité de personnalisation.

L’algorithme de décision d’avril avait des sensibilités et des VPP de 0,99, 1 et 0,91 (IC à 95 %) pour les variantes alpha, bêta et gamma du SRAS-CoV-2 avec des spécificités de 0,97, 1, 00 ou 1,00. pour l’affectation de variantes.

L’algorithme de décision ultérieur est resté précis dans l’attribution des variantes, avec des sensibilités de 0,91, 0,98 et 0,93 pour les variantes virales Beta, Delta et Gamma, respectivement. Ces variantes étaient associées à des VPP de 0,83, 1,00 et 0,78 et à des spécificités de 1,00, 0,96 et 1,00, respectivement.

À mesure que de nouveaux variants apparaissaient, ces tests ont aidé les agents de santé de première ligne à relier rapidement les cas les uns aux autres et à des locaux spécifiques, permettant ainsi une action rapide de santé publique pour prévenir toute transmission ultérieure. Les tests de génotypage ont également rapidement révélé les cas de voyage ayant conduit à l’importation, favorisant finalement la prédominance des COV delta.

Dans certaines régions du Royaume-Uni, les taux de cas Delta ont doublé tous les 4,5 jours au cours de la période d’étude. Les tests de génotypage ont non seulement contribué à l’identification rapide des variants, mais ont également permis une évaluation plus rapide de leur pouvoir infectieux, de leur transmissibilité et de leur gravité que le WGS.

Les tests de génotypage RT-PCR ont révélé une association probable de variantes en moyenne trois jours après la date de prélèvement de l’échantillon, contre neuf jours pour le WGS. De plus, la flexibilité des tests de génotypage RT-PCR a permis de multiplier par neuf le nombre d’échantillons testés, passant de 5 000 à 45 000.

Pour maximiser les avantages d’une approche de génotypage, il est important de hiérarchiser efficacement les échantillons qui bénéficieraient le plus de la cartographie des variantes.

Conclusions

Les tests de génotypage RT-PCR ont démontré le potentiel d’une surveillance à haut débit des variantes du SRAS-CoV-2 en complément du WGS, en particulier lorsque les variantes ne changent pas rapidement. En raison de leur rapidité accrue, de leur flexibilité et de leur coût relativement faible, ces tests pourraient permettre une modélisation de maladies spécifiques à des variantes et une gestion différenciée des cas par variantes dans le monde entier. Cette approche de dépistage pourrait également influencer les mesures et politiques de santé publique, notamment les restrictions de voyage et le calendrier des programmes de vaccination.