Dans cette interview, réalisée au SLAS EU 2023 à Bruxelles, en Belgique, nous avons discuté avec Mark Abbott, PDG de Peak Proteins, de la science des protéines et de son importance pour la découverte de médicaments.
Pouvez-vous s’il vous plaît vous présenter et nous dire ce qui a inspiré votre carrière dans la science des protéines et des cellules ?
Je m’appelle Mark Abbott, directeur général de Peak Proteins, qui fait partie de Sygnature Discovery, une organisation de recherche sous contrat intégrée.
En tant qu’étudiant, j’aimais expérimenter, sans connaître le résultat et résoudre des problèmes. Cela a conduit à un doctorat. et un chercheur postdoctoral travaillant sur les récepteurs membranaires et les protéines liant les glucides.
J’aime le défi de la recherche consistant à comprendre et à résoudre les problèmes liés aux protéines. Cela a conduit à une carrière entière axée sur les protéines.
Le terme « science des protéines » est un terme générique désignant la structure, la fonction et l’importance biochimique des protéines. Comment ce domaine a-t-il évolué au cours des 20 dernières années et qu’est-ce qui en fait un secteur si passionnant dans le domaine de la découverte de médicaments ?
Certaines techniques que nous utilisons aujourd’hui datent de plus d’un demi-siècle, par exemple la chromatographie d’échange d’ions et d’exclusion stérique et la SDS-PAGE. Certains processus ont radicalement changé, comme la synthèse génétique, le recours croissant à l’automatisation de techniques telles que la cristallisation des protéines et l’utilisation beaucoup plus répandue de la cryoEM. Ensemble, ces éléments ont rapidement augmenté notre capacité à résoudre les structures protéiques. Mais bien entendu, la cristallographie des protéines elle-même est beaucoup plus ancienne. Fred Sanger a reçu son prix Nobel en 1958 pour la structure cristalline de l’insuline.
Cependant, la science des protéines a continué d’évoluer, de sorte que ce que nous faisons aujourd’hui constitue une révolution complète par l’évolution.
Quelles sont les applications industrielles de la science des protéines ?
Les protéines sont régulièrement la cible du développement de médicaments. La tentative de trouver un nouveau remède contre le cancer se concentre souvent sur la protéine défectueuse dans le processus pathologique. De même, au cours des 30 dernières années, les protéines sont devenues des médicaments à part entière. La capacité de produire des protéines sous forme de médicaments à grande échelle est devenue d’une importance cruciale.
Source de l’image : Christoph Burgstedt/Shutterstock.com
La cryo-EM est devenue extrêmement importante et commence désormais à influencer la science des protéines dans le processus de développement de médicaments. La synthèse génétique, dont le développement a commencé il y a 20 ans, constitue aujourd’hui une base importante pour la science des protéines. L’influence de l’IA augmente rapidement.
La base de tout cela est la capacité à produire des protéines de haute qualité, toujours selon des techniques traditionnelles. La capacité de produire et de tester cette protéine est essentielle au développement de médicaments.
Vous êtes le responsable de la session Protein Science au SLAS EU 2023. Pourriez-vous s’il vous plaît nous présenter les intervenants de la session et les sujets abordés ?
Il y aura trois intervenants, le premier étant Pravin Mahajan, qui travaille pour Astex Pharmaceuticals au Royaume-Uni. Astex est l’une des principales sociétés utilisant la biologie structurale, la cristallographie et la cryo-EM pour soutenir et faire progresser la découverte de médicaments.
Deuxièmement, nous avons Magdalena Richter, qui travaille pour AstraZeneca. L’exposé de Magdalena portera sur l’échange hydrogène-deutérium en conjonction avec la spectrométrie de masse et sur la manière dont AstraZeneca utilise cette technologie pour comprendre les structures des protéines.
Le troisième intervenant est Su Jerwood d’Exscientia. Son exposé portera sur une approche statistique pour comprendre les expériences, les processus et les tests. Les scientifiques se méfient parfois un peu des statistiques, mais j’ai vu qu’elles étaient utilisées avec succès.
Tout au long de votre carrière, vous avez dirigé des projets et publié plus de 30 publications évaluées par des pairs sur les protéines dans le développement de médicaments. Comment avez-vous vu la relation entre la science des protéines et le développement de médicaments évoluer au cours de votre carrière ?
Lorsque j’ai débuté ma carrière, la technologie de l’ADN recombinant en était encore à ses balbutiements. Même pour le dépistage biochimique de médicaments, seuls des tests de liaison avec des tissus bruts et des radioligands ont été utilisés.
Cependant, vous pouvez désormais commander des centaines de variantes de gènes synthétiques et exécuter de nombreux criblages parallèles sur une cible donnée. Vous pouvez utiliser la technologie de l’ADN recombinant pour concevoir avec précision comment cribler et soutenir cela avec une biologie structurale très détaillée et à haute résolution. Tout cela était une évolution, mais le résultat est une révolution.
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Compte tenu de votre expertise, comment voyez-vous l’évolution des protéines dans la découverte de médicaments au cours de la décennie à venir ? Quels seront les plus grands défis pour l’industrie pendant cette période ?
Je crois que l’IA n’en est qu’à ses balbutiements en termes d’impact sur la science des protéines et le développement de médicaments. Bien que d’autres soient plus informés et puissent commenter, je reconnais que l’IA commence à avoir un impact significatif sur notre travail et que nombre de nos clients sont bien investis dans l’IA.
Une deuxième technologie qui deviendra de plus en plus importante est la cryo-EM, notamment dans la découverte de médicaments. Je soupçonne que la capacité d’avancer plus rapidement dans le processus augmentera également. La base reste la capacité à produire des protéines de la plus haute qualité.
SLAS est une société professionnelle internationale dédiée à transformer la recherche en promouvant la collaboration à l’interface de la science et de la technologie. Pourquoi cette collaboration dans la recherche pharmaceutique mondiale est-elle si importante ?
La collaboration dans le développement de médicaments est essentielle. Même les grandes sociétés pharmaceutiques mondiales comme AstraZeneca ont des projets entièrement internes, mais sont également impliquées dans de nombreuses collaborations.
Il est crucial de pouvoir favoriser cette collaboration lors de réunions comme le SLAS. Les scientifiques sont des personnes intelligentes et curieuses, et la collaboration est le moteur de tout ce processus.
Vous êtes le fondateur et directeur général de Peak Proteins, une société de biotechnologie britannique. Pourquoi est-il si important pour SLAS EU de reconnaître la quantité et la qualité des entreprises ici en Europe ?
Avant cette conférence, j’ai regardé une interview de Steve Rees d’AstraZeneca, qui a déclaré que les vaccins contre le COVID-19 n’ont pas été inventés en neuf mois, mais grâce aux investissements de la dernière décennie dans la recherche fondamentale et la technologie. Une grande partie de ces investissements a eu lieu en Europe, tant dans l’industrie que dans le monde universitaire.
Il est extrêmement important de poursuivre ces investissements en Europe
Puisque les partenariats sont fondamentaux pour accélérer la recherche scientifique, quelle est l’importance des conférences en personne comme SLAS pour favoriser les relations entre les secteurs, en particulier entre le monde universitaire et l’industrie ?
Les relations avec les clients, les fournisseurs et les employés constituent la base de notre activité. Notre métier est de résoudre les problèmes liés aux protéines pour nos clients afin qu’ils puissent avancer dans leur travail. Les conférences en personne sont un élément important de l’établissement de relations. Nous avons toujours des projets ambitieux dans lesquels vous essayez de prédire ce qui va se passer, mais après la première expérience, même les plans les mieux élaborés peuvent échouer.
Nous aimons ce type de projets où les choses ne se déroulent pas comme prévu et où il faut examiner les données et la littérature, parler au client et essayer de résoudre ces problèmes.
Quelle est la prochaine étape pour vous et votre travail ? Êtes-vous impliqué dans des projets à venir passionnants ?
Il y a deux conférences auxquelles nous prévoyons assister cette année. Le premier est le PSDI (Protein Structure Determination in Industry). En tant que grande entreprise en biologie structurale, nous serons présents.
Deuxièmement, nous participerons à la conférence ELRIG Drug Discovery à Liverpool plus tard cette année.
À propos de Mark Abbott
Dr. Mark Abbott a travaillé comme biochimiste des protéines chez AstraZeneca pendant plus de 20 ans, se concentrant sur la découverte de petites molécules et de médicaments biologiques. Il a quitté l’entreprise en 2014 et a fondé Peak Proteins, une CRO fournissant des services à des clients industriels et universitaires du monde entier.
Au départ, il n’y avait que deux personnes, mais aujourd’hui, environ 50 personnes connaissent l’expression et la purification des protéines, la biophysique et la biologie structurale des protéines, y compris les rayons X et la cryoEM. Peak Proteins a été acquis par Sygnature Discovery (une CRO intégrée de découverte de médicaments) en avril 2022 et fait désormais pleinement partie de cette organisation. Une longue carrière portée par un enthousiasme durable pour s’attaquer aux protéines difficiles !