Analyse de séquence d’ARN possible pour diagnostiquer les sous-types moléculaires dans la LAL-B pédiatrique

Leucémie lymphoïde aiguë (LAL) est le cancer infantile le plus courant, représentant plus de 30 % de tous les cas pédiatriques. Une étude pilote en Le Journal du Diagnostic Moléculaire, publié par Elsevier, confirme la faisabilité de la mise en œuvre d’un flux de travail d’analyse par séquençage d’ARN (RNA-Seq) pour le diagnostic clinique de sous-types moléculaires dans la leucémie lymphoblastique aiguë B (LAL-B) pédiatrique. Ce test génomique mondial prometteur et rentable pour la LAL-B pourrait conduire à un diagnostic plus précis et à des options de traitement plus ciblées.

LAL comprend une constellation de différents sous-types moléculaires, chacun avec son propre modèle unique de sensibilité aux médicaments, de réponse au traitement et même de pronostic. Particulièrement à l’ère actuelle de la médecine personnalisée, il est important d’identifier des sous-types spécifiques. Toutefois, l’identification nécessite un certain nombre d’outils de profilage, ce qui rend le processus laborieux et coûteux.

Le chercheur principal adjoint Gordana Raca, MD, PhD, Département de pathologie et de médecine de laboratoire, Hôpital pour enfants de Los Angeles, explique : “Le but de l’étude était d’aborder les limites des tests actuels de normes de soins (SOC) pour la LAL-B pédiatrique, qui ne parviennent pas à identifier plusieurs sous-types récemment découverts de la maladie. Nous voulions également utiliser les données d’expression générées par le test d’ARN-seq basé sur l’enrichissement cliniquement validé de notre laboratoire pour la détection de fusions oncogènes dans le cancer afin d’évaluer si des analyses de données supplémentaires en plus des informations de fusion pour notre B dans la détermination de la classification des sous-types pourraient aider. – Tous les cas.”

Les chercheurs ont examiné les données cliniques, morphologiques, immunophénotypiques et moléculaires archivées ainsi que les échantillons résiduels d’ADN, d’ARN et de moelle osseuse congelés et/ou d’échantillons de sang périphérique leucémique provenant d’essais cliniques antérieurs dans un groupe de 76 patients pédiatriques. Les résultats ont été analysés auprès de 61 patients nouvellement diagnostiqués et de 25 patients atteints de B-ALL en rechute/réfractaire qui ont subi une caractérisation cytogénétique et moléculaire dans le cadre de leurs soins cliniques standard au Center for Personalized Medicine de l’hôpital pour enfants de Los Angeles entre mars 2016 et septembre 2020. Ils ont émis l’hypothèse que l’ARN-Seq, qui a été utilisé dans la découverte de nouveaux sous-types moléculaires de B-ALL, pourrait également être un outil cliniquement utile pour la classification diagnostique des cas de B-ALL.

Pour tester cette hypothèse, les chercheurs ont analysé les données d’ARN-seq dans 28 cas de LAL-B de sous-type connu et 48 de sous-type indéterminé après analyse clinique du caryotype et fluorescence. sur site Hybridation, puces à ADN chromosomiques et séquençage de nouvelle génération de tests sur panel de fusion d’ADN et d’ARN (OncoKids®). L’analyse RNA-Seq a identifié avec précision les sous-types dans les 28 cas connus et a déterminé le sous-type génétique dans 38 des 48 cas précédemment inconnus (79 %). L’analyse RNA-Seq a également permis de détecter des fusions oncogènes, des anomalies liées à un grand nombre de copies, des variantes de séquences de points chauds oncogènes et des variantes intragéniques. IKZF1 Suppressions.

Co-chercheur principal Zhaohui Gu, PhD, Département de médecine computationnelle et quantitative et biologie des systèmes, Institut de recherche Beckman de City of Hope, Duarte, déclare : « L’étude a montré que les cas B-ALL avec des sous-types connus par les tests SOC étaient entièrement cohérents avec la classification basée sur RNA-Seq. De plus, l’analyse RNA-Seq nous a permis de classer avec succès une grande proportion de cas restés inconnus grâce à des tests SOC complets. La classification basée sur RNA-Seq était relativement facile à mettre en œuvre dans un laboratoire universitaire de taille moyenne utilisant les données d’un test de fusion cliniquement validé.

Dr. Raca ajoute : « L’analyse RNA-Seq permet une détermination précise du sous-type génétique pour une proportion accrue de cas pédiatriques de LAL-B, permettant une stratification plus précise des risques et une optimisation de la prise en charge des patients. La détermination précise du sous-type au moment du diagnostic élargira également nos connaissances sur les aspects morphologiques, immunophénotypiques et les caractéristiques cliniques des nouveaux sous-types de B-ALL. Nous avons été surpris par la fréquence relativement élevée de certains nouveaux sous-types de B-ALL (tels que PAX5Alt et DUX4) dans notre cohorte de patients qui n’ont pas été diagnostiqués par les tests SOC. L’étude a également conduit à la découverte de plusieurs fusions inédites.

Dr. Raca dit : « L’étude a montré que la classification basée sur le profil d’expression, qui a été utilisée principalement dans la recherche jusqu’à présent, peut également constituer un test clinique très puissant pour la LAL-B pédiatrique. En tant que test unique, il permet de déterminer le sous-type dans une proportion plus élevée de.”

Dans un éditorial d’accompagnement, Shawn HR Lee, MD, Khoo Teck Puat-National University Children’s Medical Institute, National University Health System, Singapour, et le Département de pédiatrie, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore, conviennent que l’ARN- seq est sans doute l’un des outils les plus puissants pour le profilage somatique dans la LAL-B pédiatrique – ou peut-être même le plus puissant. Cependant, il souligne également qu’il reste controversé de savoir si RNA-Seq est recommandé comme seul outil de classification pour tous les cas, car il existe certaines limites inhérentes, en particulier dans les endroits où les pipelines analytiques peuvent ne pas être aussi robustes.

Dr. Lee commente : « Dans l’ensemble, RNA-seq est extrêmement prometteur en tant que plate-forme de diagnostic génomique somatique unique de la LAL, même s’il existe encore des lacunes associées. Dans certains cas, la validation des cas positifs par une méthode alternative (par exemple, test de fusion d’oncogènes et séquençage de l’ADN) peut encore être une approche plus éclairée. Le test doit être affiné davantage pour obtenir de manière exhaustive des informations sur les mutations au-delà du sous-typage moléculaire et les rendre accessibles dans le monde entier. À mesure que nous avançons dans l’ère de la médecine de précision, les informations fournies par ce test sont prometteuses pour orienter un traitement pertinent et stratifié selon les risques de ce cancer infantile.