Nouvelles connaissances sur la manière dont les variantes génétiques influencent le risque de maladie

Une nouvelle étude menée par des scientifiques de deCODE Genetics, une filiale d’Amgen, montre que les variantes de séquence contrôlent la corrélation entre la méthylation de l’ADN et l’expression des gènes. Les mêmes variantes sont associées à différentes maladies et autres caractéristiques humaines.

La recherche a été publiée aujourd’hui dans la revue Génétique naturelle sous le titre : La corrélation entre la méthylation du CpG et l’expression des gènes est contrôlée par des variants de séquence.

Le séquençage des nanopores est une nouvelle technologie développée par ONT (Oxford Nanopore Technology) qui permet d’analyser des séquences d’ADN en temps réel. Dans cette technologie, les molécules d’ADN sont aspirées à travers de minuscules pores protéiques et les mesures en temps réel du courant électrique révèlent quels nucléotides de l’ADN ont traversé les pores. Cela permet de lire la séquence nucléotidique de l’ADN tout en permettant également de détecter les modifications chimiques des nucléotides en utilisant les mêmes mesures.

Une telle modification est appelée méthylation de l’ADN et est considérée comme importante pour déterminer quels gènes sont utilisés à un moment donné. communément appelé Régulation de l’expression des gènes de la part des scientifiques dans ce domaine. La technologie de séquençage des nanopores permet de mesurer directement la méthylation de l’ADN tout en permettant des lectures de séquences d’ADN plus longues que celles possibles avec les technologies existantes. Ces avancées ouvrent de nouvelles opportunités en permettant de mesurer la méthylation de l’ADN de tous les sites CpG du génome humain. Étant donné que cette technologie peut lire de longues séquences d’ADN, il est possible de déterminer séparément la méthylation de l’ADN sur les chromosomes des deux parents.

Dans l’étude, les scientifiques ont pu attribuer la méthylation CpG, l’expression génique et les allèles des variantes de séquence aux chromosomes parents et ainsi examiner les corrélations entre les trois séries de mesures au niveau de l’haplotype. L’étude montre que les variantes de séquence affectent la méthylation de l’ADN et, en outre, que certaines de ces variantes peuvent être liées à diverses maladies et autres caractéristiques humaines. Surtout, l’étude montre que la corrélation entre la méthylation de l’ADN et l’expression des gènes est due à des variantes de séquence, ce qui suggère que ces variantes sont le facteur déterminant.

La plupart des variantes de séquence associées à la maladie se trouvent dans le génome non codant, c’est-à-dire dans des régions du génome qui ne codent pas pour des protéines. Pour cette raison, il a été difficile de comprendre comment les variantes de séquence non codantes conduisent à la maladie. En étudiant les effets sur la méthylation de l’ADN, les scientifiques ont pu montrer que bon nombre de ces variants correspondent à des variants de séquence précédemment liés à la maladie, leur permettant ainsi de mieux comprendre comment ils conduisent à la progression de la maladie.